@nqounetです．
DBD::SQLiteと格闘して，なんとか勝利しました．
インストールの方法
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実際にこれでインストールできたのだけど，このあとperlbrew switch 5.16.3してインストールしたら，特にオプション無しで成功してしまった．
さっきまでこっちにこそインストールできなかったのに！
しかも，ログを見たら同じエラーもあるのに．
不思議だ．
インストールログを見よう
何度失敗したかわかりませんが，ログを見るとどうもこの辺にヒントがあるらしい．
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エラーメッセージでぐぐったところ，オプションの-Bsymbolicを消して実行するとどうよ，というような事が書いてあった．
書き換えればOK，って言われても困るわけでして…．
で，もしかすると，オプションで上書きができるかなと思ってやってみると，偶然うまくいきました．
ただ，ログを見たら，同じようなエラーになっていて，結局何故通ったのかわからない，という，腑に落ちない結果となりました．
cpanmのconfigure-argsオプション
cpanmのconfigure-argsオプションは，configureの引数にしてくれる感じかなぁ，と思うのですが，ログを見る限りでは，どこで作用したのかわかりませんでした．
まとめ
紆余曲折はありましたが，ひとまず目的は達成出来ました．
さくらのレンタルサーバーは，gitこそ使えない（ソースからインストールすれば使えるらしいですが）ものの，sshでログインできて，Perlもビルドできて，CPANモジュールもインストールできるので，レンタルサーバーにしては恵まれた環境です．
ただ，これから環境を作るのであれば，VPSのほうが何かと安心できる，というのが本音ですね．
レンタルサーバーだと，CGIとして動かすことになるので動作も遅いです．
メンテナンスを考えても，動作環境を考えても，Perlでサービスを開発するのであれば，レンタルサーバーは選択肢からは外すのが賢明です．
デプロイもサーバーがVPSなどであれば，cinnamonを使えば毎回同じように更新できますしね．