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next if index $foo, "hoge";

意味的には、$fooが「hoge」ではじまっていなければ次へ、という感じ。 例えば、hogeで始まるファイルだけをピックアップする場合に、ループの中でhoge以外を取り除くために使う。

他のやり方としては、例えば正規表現を使うと、

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next if $foo !~ /^hoge/;

とか、もう少し自然に書けば、

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next unless $foo =~ /^hoge/;

とか。

正規表現を使うと遅くなる、という噂があるので、ループなどではなるべく正規表現を使わないようにしよう、とか思いながらこういうコードを使うわけです。